Pada awal tahun pelajaran 2006 / 2007 sesuai dengan rencana strategis Dinas Pendidikan Kota Bekasi, dirasa perlu untuk mendirikan satu sekolah kejuruan negeri, yang mana sekolah tersebut memiliki kekhasan dalam program pendidikannya, yaitu dengan membuka 2 jurusan / kompetensi keahlian yakni Akomodasi Perhotelan dan Tata Boga. Alasan membuka kedua kompetensi keahlian tersebut adalah mengingat perkembangan perhotelan dan restoran saat ini yang begitu pesat, dengan membuka kedua komptensi keahlian tersebut diharapkan lulusan SMK Negeri 3 Kota Bekasi akan mampu mengisi lowongan pekerjaan di industri khususnya di wilayah Kota Bekasi dan sekitarnya.
Awalnya SMK Negeri 3 Kota Bekasi merupakan USB (Unit Sekolah Baru) yang dibuka dengan lokasi di wilayah Kecamatan Mustikajaya dan sambil menunggu selesainya pembangunan ruang belajar, untuk sementara waktu menumpang di SMP Negeri 26 Kota Bekasi, Kelurahan Mustikajaya Kecamatan Mustikajaya. Tempat yang disediakan untuk pembangunan ruang belajar di lokasi yang disediakan Pemerintah Kota Bekasi yakni Perumahan Mutiara Gading Timur Blok L.5 No. 1 Kelurahan Mustikajaya Kecamatan Mustikajaya. Siswa angkatan pertama yang berhasil direkrut berjumlah 69 orang, dengan rincian 41 orang siswa Kompetensi Keahlian Akomodasi Perhotelan, dan 28 orang siswa Kompetensi Keahlian Tata Boga. Untuk melaksanakan proses belajar mengajar awalnya direkrut 14 orang guru, sebagaian berasal dari sekolah SMP Negeri 26 Kota Bekasi, serta karyawan Tata Usaha berjumlah 2 orang, manajemen sekolah untuk sementara waktu dipimpin oleh seorang PLH yang ditunjuk dari sekolah induk yaitu Uu Saeful Mikdar S.Pd., MM.
Minggu ketiga bulan Februari 2007, pembangunan ruang belajar sejumlah 5 unit telah selesai di lokasi Perumahan Mutiara Gading Timur Blok L.5 No. 1 Kelurahan Mustikajaya Kecamatan Mustikajaya Kota Bekasi yang menempati sebidang tanah dengan luas 6,465 M, sehingga pada semester kedua tahun pelajaran 2006/2007 tepatnya tanggal 19 Maret 2007 sekolah berpindah dari lokasi lama ke lokasi yang baru, yang pada waktu itu diresmikan penggunaan Gedung oleh Kepala Bidang Pendidikan Menengah Bapak Drs. Encu Hermana, MM, mewakili Kepala Dinas Pendidikan Kota Bekasi Bapak Drs. H. Asmari yang sedang ada tugas luar kota.
Dalam perkembangannya kemudian ditunjuk Kepala Sekolah Definitif untuk memimpin manajemen SMK Negeri 3 Kota Bekasi sesuai Surat Keputusan Walikota Bekasi nomor 821.2/Kep.123-BKD/XII/2005, yaitu Uu Saeful Midar, S.Pd., MM, yang selanjutnya menjalankan roda organisasi SMK Negeri 3 Kota Bekasi.
Pada Tahun Pelajaran yang kedua tahun 2007/2008 SMK Negeri membuka Program/Kompetensi Keahlian yang baru sebanyak 2 yaitu Program/Kompetensi Keahlian Teknik Komputer dan Jaringan dan Program/Kompetensi Keahlian Akuntansi, penambahan 2 Program/kompetensi keahlian animo masyarakat terhadap SMK Negeri 3 cukup tinggi dan di tahun kedua jumlah rombel yang diterima sebanyak 9 rombel dan masih menolak. Penambahan Kompetensi Keahlian ini hingga pada periode tahun 2011/2012 selaku pimpinan sekolah UU Saeful Mikdar, S.Pd., MM, menjabat sebagai Kepala Sekolah.
Pada Tahun Pelajaran 2012/2013, SMK Negeri 3 Kota Bekasi telah terjadi pergantian kepemimpinan dari UU Saeful Mikdar, S.Pd., MM ke Maman Sudiaman, S.Pd, selaku Kepala Sekolah hingga saat ini. Terhitung bulan Juli tahun 2012 jumlah rombel sebanyak 41 rombel, dengan jumlah siswa 1389.
Ditahun pelajaran 2015/2016, SMK Negeri 3 Kota Bekasi telah terjadi pergantian kepemiminan dari Maman Sudiaman, S.Pd, Ke Drs. Sugiyono, MM, dan terhitung mulai Februari 2015 jumlah rombel sebanyak 40, dengan jumlah siswa 1375 per Juli 2016.
Selama perjalanan kepemimpinan Drs. Sugiyono, MM waktu sejak dinyatakan diresmikan dan berdiri penuh terlepas dari binaan dan bimbingan sekolah induk, SMK Negeri 3 Kota Bekasi telah banyak berbenah, dan mengalami banyak kemajuan di berbagai bidang sesuai dengan tugas pokok dan fungsi yang digariskan oleh Dinas Pendidikan Kota Bekasi.
Ditahun Pelajaran 2018/2019, SMK Negeri 3 Kota Bekasi telah terjadi pergantian kepemiminan dari Drs. Sugiyono, MM, Ke Drs. Boan, M.Pd, dan terhitung mulai Maret 2018 Jumlah rombel sebanyak 45, dengan jumlah siswa 1546 per Juli 2018.
Selama perjalanan kepemimpinan Drs. Boan, M.Pd sejak dinyatakan diresmikan dan berdiri penuh terlepas dari binaan dan bimbingan dan arahan Provinsi Jawa Barat melalui Dinas Pendidikan Provinsi Jawa Barat, SMK Negeri 3 Kota Bekasi telah banyak berbenah, dan mengalami banyak kemajuan di berbagai bidang sesuai dengan tugas pokok dan fungsi yang digariskan oleh Dinas Provinsi Jawa Barat.
Pada Tahun 2021/2022 masa kepemimpinan sekolah dipegang oleh bapak Soso Ariffianto, S.ST., M.Si sampai sekarang ada beberapa infrastruktur sekolah yang sudah mulai di renovasi dan ditingkatkan serta mulai masuknya beberapa tenaga guru dari PPPK yang ikut membantu mengembangkan SDM peserta didik di sekolah ini.
Setelah masa bakti pengabdian bapak Soso Ariffianto, S.ST., M.Si di awal tahun 2024 maka kepemimpinan sekolah di pegang oleh bapak Ir. Sucipto Hadi Waluyo, M.M sebagai Plt. Kepala Sekolah selama 6 bulan. Tepatnya dibulan September 2024 masuk kembali bapak Drs. Boan, M.Pd sebagai pengganti Plt. Kepala Sekolah yang lama ke yang baru sampai tanggal penulisan ini diterbitkan.